企業が市町村から委託を受けて新型コロナウイルス感染症に係るワクチンの職域接種を実施する場合、企業には接種会場の使用料、設営費用や医師・看護師等の派遣を受けるための費用など会場の準備に要する費用が生じ、この費用が市町村から受け取る委託料を越える場合もあります。しかし、この費用に関してワクチン接種を受ける役員、従業員に給与として課税する必要はありません。そして、職域接種の対象者となるのは、?その企業の役員、従業員及びこれらの者と同居する親族でワクチン接種を希望する者（以下「従業員等」という）並びに?関連会社の従業員等のほか、?その企業の取引先の従業員等及び?接種会場付近の近隣住民で、これらすべての者についても、所得税の課税対象とはなりません。 

  詳細は下記の国税庁ホームページをご覧ください。

https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/kansensho/faq/pdf/faq.pdf