ETCクレジットカードで高速道路の利用料を精算した場合、高速道路の利用が頻繁であり、全ての高速道路の利用に係る利用証明書の保存が困難なときは、クレジットカード利用明細書と利用した高速道路会社の任意の一取引に係る利用証明書をダウンロードし、併せて保存することで、仕入税額控除を行うことができます。 

詳細は国税庁ＨＰ　インボイス制度に関するＱ＆Ａをご覧ください。

https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/zeimokubetsu/shohi/keigenzeiritsu/pdf/qa/01-01.pdf#page=154