インボイス制度が始まる令和５年10月１日までに登録番号の通知が届かなかった場合、国税庁はその対処方法について次のとおり公表しています。

・事前にインボイスの交付が遅れる旨を取引先に伝え、通知後にインボイスを交付する。

・取引先に対して通知を受けるまでは暫定的な請求書を交付し、通知後に改めてインボイスを交付しなおす。

・暫定的な請求書を交付する場合、その請求書との関連性を明らかにした上で、インボイスに不足する記載事項（登録番号等）を通知する。

  今から登録申請をしても、登録番号の通知が届くのは、10月以降となる可能性が高いと考えられますので、その場合は上記のような対処が必要になります。

国税庁インボイス制度特設サイト   申請手続｜国税庁 (nta.go.jp)